Trude Nilsen er seniorforsker ved Institutt for lærerutdanning og skoleforskning, Universitetet i Oslo. Nilsen har forsket på læreres kompetanse og undervisning, skolemiljø og likeverd. Hun forsker spesielt på data fra internasjonale storskala-undersøkelser, og er opptatt av psykometri og anvendt metode. Nilsen har publisert nasjonalt og internasjonalt og er prosjektleder av prosjektet Teachers’ Effect on Student Outcomes (TESO) finansiert av Norsk Forskningsråd, er med i prosjektet Trends In Mathematics and Science Study (TIMSS) og i de internasjonale ekspertgruppene til TIMSS og TALIS. Hun er også leder av forskergruppen Large-scale Educational Assessment (LEA).
